यद्यपि ईदगाह में नमाज़ पढ़ना सुन्नत है, लेकिन बारिश या किसी विशेष परिस्थिति में मस्जिद में ईद की नमाज़ (Masjid Eid Prayer) पढ़ना भी पूरी तरह जायज़ है। मस्जिदों में ईद की नमाज़ का आयोजन उन लोगों के लिए सुलभ होता है जो दूर दराज़ के ईदगाहों तक नहीं पहुँच सकते। मस्जिद की पवित्रता (Sanctity of Mosque) और वहाँ का शांत वातावरण भी नमाज़ में एकाग्रता (Concentration) पैदा करता है। बहुत से बड़े शहरों में मस्जिदों में नमाज़ के कई दौर (Multiple Shifts) आयोजित किए जाते हैं ताकि भीड़ को नियंत्रित किया जा सके।
मस्जिद में ईद की नमाज़ (Masjid Eid Prayer) और जुमे की नमाज़ (Jumma Namaz) में बुनियादी अंतर यह है कि ईद की नमाज़ में अज़ान और इकामत नहीं होती। जुमे की नमाज़ फर्ज़ (Obligatory) है, जबकि ईद की नमाज़ वाजिब (Required) मानी जाती है। इसके अलावा, ईद की नमाज़ में दो रकातों के साथ छह अतिरिक्त तकबीरें (Extra Takbeers) कही जाती हैं, जो जुमे में नहीं होतीं। एक और बड़ा अंतर यह है कि जुमे का खुतबा नमाज़ से पहले होता है, जबकि ईद का खुतबा नमाज़ के बाद (After Prayer) दिया जाता है।
मस्जिद में नमाज़ (Masjid Prayer) पढ़ते समय भी उन्हीं सुन्नतों का पालन किया जाता है जो ईदगाह के लिए हैं। नमाज़ के बाद इमाम साहब का प्रवचन (Sermon) सुनना और आपसी गले मिलना वहाँ भी उतना ही ज़रूरी है। मस्जिदों में अक्सर ईद के मौके पर विशेष रूहानी महफिलें (Spiritual Gatherings) भी सजती हैं। यह स्थान हमें अपने खालिक के घर में उसकी इबादत करने का गौरव (Pride) प्रदान करता है। मस्जिद का मीनार इस दिन खुशियों और रहमतों का गवाह बनता है।
ईद की नमाज़ (Eid Namaz) के लिए मस्जिद जाते समय रास्ते में तकबीर-ए-तशरीक (Takbeer-e-Tashreeq) पढ़ना दिल को नूरानी बनाता है। मस्जिद के भीतर का अनुशासन और कतारों की पाबंदी (Disciplined Rows) मुसलमानों के संगठन को दर्शाती है। नमाज़ के बाद मस्जिद के सहन में एक-दूसरे को बधाई देना सामाजिक रिश्तों (Social Relationships) में जान फूँक देता है। यह नमाज़ हमें याद दिलाती है कि हमारी हर खुशी और हर त्यौहार का केंद्र अल्लाह की इबादत (Worship of Allah) ही होना चाहिए।
अंत में, चाहे नमाज़ ईदगाह में हो या मस्जिद में (Masjid Eid Prayer), असलियत इंसान की नीयत और उसका खुदा के प्रति खौफ (Fear of God) है। रमज़ान के रोज़ों की मेहनत का सिला इसी नमाज़ के साथ मुकम्मल होता है। मस्जिद से निकलने के बाद जब रोज़ेदार अपने घर लौटता है, तो वह एक नई रूहानी ऊर्जा (New Spiritual Energy) के साथ अपने जीवन की नई शुरुआत करता है। मस्जिद में ईद की नमाज़ पढ़ना हमारे ईमान की मज़बूती और ईश्वरीय प्रेम (Divine Love) का प्रमाण है।