राष्ट्रीय फॉरेंसिक विज्ञान विश्वविद्यालय (NFSU) में चयन प्रक्रिया मुख्य रूप से दो चरणों में विभाजित होती है। प्रारंभिक चरण में एक वस्तुनिष्ठ लिखित परीक्षा (Objective Written Test) आयोजित की जाती है, जिसमें उम्मीदवार की तार्किक क्षमता (Reasoning), सामान्य ज्ञान (General Knowledge) और पद से संबंधित तकनीकी ज्ञान (Subject Specific Knowledge) का परीक्षण होता है। यदि पद प्रशासनिक है, तो गणितीय योग्यता (Mathematical Aptitude) और अंग्रेजी भाषा के व्याकरण (English Grammar) पर अधिक जोर दिया जाता है। परीक्षा का माध्यम आमतौर पर द्विभाषी (Bilingual) होता है।
लिखित परीक्षा में सफल होने वाले अभ्यर्थियों को अगले चरण के लिए बुलाया जाता है, जो पद की प्रकृति के अनुसार कौशल परीक्षण (Skill Test) या साक्षात्कार (Interview) हो सकता है। उदाहरण के लिए, कनिष्ठ लिपिक (Junior Clerk) के लिए टंकण परीक्षा (Typing Test) अनिवार्य होती है, जबकि वैज्ञानिक पदों (Scientific Posts) के लिए प्रयोगशाला में व्यावहारिक परीक्षण (Practical Test) लिया जा सकता है। साक्षात्कार के दौरान विशेषज्ञ पैनल उम्मीदवार के व्यक्तित्व (Personality) और विषय पर उनकी पकड़ का मूल्यांकन करता है।
अंतिम मेरिट सूची (Final Merit List) तैयार करते समय लिखित परीक्षा और साक्षात्कार के अंकों को एक निश्चित अनुपात (Weightage) में जोड़ा जाता है। विश्वविद्यालय पारदर्शिता (Transparency) बनाए रखने के लिए उत्तर कुंजी (Answer Key) और कट-ऑफ अंक (Cut-off Marks) अपनी आधिकारिक वेबसाइट पर प्रकाशित करता है। यदि किसी पद के लिए कौशल परीक्षण केवल अर्हकारी (Qualifying) प्रकृति का है, तो उसके अंक अंतिम मेरिट में नहीं जोड़े जाते, लेकिन उसे पास करना अनिवार्य होता है।
दस्तावेज़ सत्यापन (Document Verification) चयन का अंतिम और सबसे संवेदनशील चरण है। यहाँ अभ्यर्थी को अपने सभी मूल शैक्षणिक प्रमाण पत्र (Original Academic Certificates), अनुभव प्रमाण पत्र और पहचान पत्र (Identity Card) प्रस्तुत करने होते हैं। किसी भी विसंगति या गलत जानकारी पाए जाने पर चयन को तत्काल निरस्त (Cancelled) किया जा सकता है। विश्वविद्यालय आरक्षित वर्ग के उम्मीदवारों के लिए जाति प्रमाण पत्र (Caste Certificate) की गहनता से जांच करता है।
चयन प्रक्रिया की समय सीमा पदों की संख्या और आवेदकों की तादाद पर निर्भर करती है। आमतौर पर, अधिसूचना जारी होने के कुछ महीनों के भीतर पूरी प्रक्रिया संपन्न कर ली जाती है। चयनित उम्मीदवारों को नियुक्ति पत्र (Appointment Letter) जारी करने से पहले उनके पुलिस सत्यापन (Police Verification) की प्रक्रिया भी पूरी की जाती है। यह संपूर्ण प्रणाली यह सुनिश्चित करती है कि केवल सबसे योग्य और ईमानदार पेशेवर ही फॉरेंसिक विज्ञान के इस राष्ट्रीय संस्थान का हिस्सा बनें।